1985年，双墩遗址于文物普查时被发现。
1986年，蚌埠博物馆对双墩遗址进行了抢救性试掘。1991年、1992年安徽省文物考古研究所两次对其进行发掘。三次发掘共15个探方，累计面积375平方米，出土了陶器、石器、蚌器、骨角器等大量珍贵文物。
遗址特点双墩遗址保存范围为南北长180米左右，东西宽140米左右，约25200平方米，而遗址的中心区约10000平方米。双墩遗址的出土遗物，均集中在遗址东南部的一个较大的凹沟中，这条凹沟由西北向东南延伸，东西宽40多米，深度在2.5米以上。文化层为斜坡状堆积，每个地层形成的时间似较短较快，层与层之间的界限比较明显。
遗存文物双墩遗址还出土了一级文物陶塑人头像和600余件带有刻画符号的陶器。 遗址为单一的新石器时代文化堆积，典型器形有罐形鼎、钵形鼎、支架、碗、钵、甑、器座、纺轮及网坠等，以四錾平底罐形釜和钵形釜、矮圈足或假圈足饼底碗、矮喇叭座豆、鸟首或牛鼻形耳系罐、底腹均有箅孔的甑及祖形支架构成器物组合。三次发掘共发现600余件。在陶碗的外圈足内，有较多的刻划符号，以单线、双线和多重线分别刻有鱼形、猪形、鹿形、蚕形、叶脉形、花瓣形、三角形、方框形、"十"字形、网形、圆圈形、建筑形等数十种。可分为象形和几何形两大类，并以时代早、数量大、种类多、内容丰富，构成了双墩遗存的重要内容。
